Löytyy hyvin vähän yksityiskohtia sisältäviä aikalaskirjoituksia ninjutsusta, kuitenkin on muutama hyvin dokumentoitu tapahtuma, josta yksi tunnetuin on Iga maakunnan valloitus ja tuho. Se lopetti itsenäisten ninja sukujen ylläpitämän Iga Sokoku Ikki (伊賀惣国一揆), Igaa hallinneen neuvoston ja pakotti kansanmurhaa paenneet iga no mono (ninja) suvut maanpakoon Igasta.

Japanin yhdistäjänä tunnettu Oda Nobunaga oli pakottanut taistelussa häviölle jääneen Isen hallitsijan Kitabatake Tomofusan adoptoimaan poikansa Oda Nobukatsun. Pian tämän jälkeen Nobukatsu kaappasi itselleen vallan Isessä. Nuori Nobukatsu, jolla oli nyt Isen hallinta, päätti laajentaa toimialuettaan kattamaan myös Igan. Nobukatsu lähetti Takigawa Kazumasun rakentamaan linnan Maruyamaan Igaan toimimaan sotakampanjan tukiasemana.

Iga no mono soturit huomasivat linnan rakennuksen ja hyökkäsivät keskeneräisiin asemiin. He hyökkäsivät Maruyaman linnaan keskellä päivää 24. marraskuuta 1578. Takigawa yllätettiin täysin ja hän joutui joukkoineen vetäytymään linnasta, jonka Iga-joukot polttivat. Hän onnistui kokoamaan jäljellä olevat joukkonsa läheiseen Tsuzumigamineen, jossa he kokivat uuden tappion ja vetäytyivät takaisin Iseen.

Nöyryytetty ja vihainen Nobukatsu halusi välittömästi hyökätä Igaan, mutta hänen neuvonantajansa suostuttelivat häntä odottamaan. Vuotta myöhemmin hän aloitti hyökkäyksensä. Hän suunnitteli kolmiosaisen hyökkäyksen ja lähti Matsugashimasta 6. lokakuuta 1579. Iga-joukot saivat kuitenkin tietoonsa Nobukatsun valmistelut ja suunnittelivat vastahyökkäyksen. Nobukatsu ja hänen 8 000 miehen pääjoukkonsa saapuivat Igaan Naganon solan kautta seuraavana päivänä, jossa heidät väijytettiin. Odottavat Iga-joukot hyödynsivät vuoristoista maastoa ja sissitaktiikoita yllättääkseen ja hämmentääkseen Nobukatsun armeijaa. Hän joutui vetäytymään ja kärsi raskaita tappioita. Kaksi muuta pienempää joukkoa (1 500 miestä, joita johti Tsuge Saburō, Onikobu-solan kautta ja 1 300 miestä Nagano Sakyōnosuke, Aoyaman solan kautta) kohtasivat samanlaisen kohtalon, ja Tsuge menetti henkensä. Irankin (Igan kirjallinen historia) mukaan Nobukatsun tappiot olivat tuhansissa.

Kampanja oli siis täysi katastrofi. Nobukatsu oli päihitetty ja hän oli menettänyt yhden kenraaleistaan. Tämän lisäksi Nobukatsu ei ollut kertonut isälleen Nobunagalle hyökkäyksestä ennen sen aloittamista. Nobukatsu oli halunnut osoittaa isälleen omaa arvoaan valloittamalla Igan. Sen sijaan Nobunaga oli raivoissaan saatuaan tietää hänen teoistaan.

Toinen Tenshō Igan sota (30. syyskuuta – 8. lokakuuta 1581)

Syyskuun 30. päivänä 1581 Nobunaga aloitti oman hyökkäyksensä Igaan paljon laajemmassa mittakaavassa. Tässä vaiheessa Oda oli valtansa huipulla. Hän hallitsi suurinta osaa Keski-Japanista, mukaan lukien kaikki Igan ympäröivät maakunnat. Siksi hän pystyi kokoamaan suuren armeijan, joka hyökkäsi Igaan kuudesta eri suunnista.

Oda Nobunaga jakoi armeijansa seuraavasti:

1. 12 000 miestä Niwa Nagahiden ja Takigawa Kazumasun johdolla saapumassa Tsugesta koilliseen.

2. 10 000 miestä Nobukatsun ja Tsuda Nobusumin komennolla saapumassa Isesta (Aoyaman sola) kaakkoon.

3. 7000 miestä Gamō Ujisaton ja Wakisaka Yasuharun alaisuudessa saapumassa Tamatakista pohjoiseen.

4. 7000 miestä Asano Nagamasan johdolla saapumassa Hasesta lounaaseen.

5. 3700 miestä Tsutsui Junkein johdolla saapumassa Kasamasta lounaaseen.

6. 2300 miestä Hori Hidemasan johdolla saapumassa Taraosta luoteeseen.

Tätä 42 000 miehen armeijaa vastaan Igan puolustajia oli yhteensä enintään 10 000 hajautettuna koko maakunnassa. Oda-joukot etenivät, polttivat kyliä, linnoja, pyhäkköjä ja temppeleitä ja kohtasivat suhteellisen vähän vastarintaa. Merkittävimmät sotilaalliset toimet olivat Hijiyaman linnan piiritys, josta oli tullut pohjoisen Iga-joukkojen kokoontumispaikka, ja Kashiwaran linnan piiritys etelässä. Joukkojen antautuessa Kashiwaran linnassa 8. lokakuuta, järjestäytynyt Iga-vastarinta päättyi.

Oda Nobunaga itse kiersi valloitettua maakuntaa marraskuun alussa 1581 ja veti sitten joukkonsa pois ja asetti vallan Nobukatsun käsiin.

Kuitenkin useita ninjoja onnistui selviytymään Igan tuhosta, joista kuuluisin on Hattori Hanzo.

Hattori Hanzo oli periytyvä nimi Hattori klaanissa. Heistä kuuluisin tunnetaan myös nimellä Oni Hanzo tai ”Paholais Hanzo”, hän johti monia ninjoja Tokugawa leyasun palveluksessa. Hänestä tuli lopulta korkean tason vasalli hallituksen palveluksessa. Hän sai palkkioksi hoidettavakseen 8 000 kokun arvoisen tilan. Edo-linnassa on linnan portti, joka oli suvun vartioinnin alaisuudessa. Tänäkin päivänä se tunnetaan Hanzon porttina.

Bujinkan ninjutsu-tyylit selvisivät Igasta kotoisin olevassa Toda klaanissa. Toda Shinryûken Masamitsu (Toda Hisajiro) opetti ne Takamatsu Toshitsugulle, joka opetti ne Masaaki Hatsumille.