Terminä samurai on muuttanut merkitystään useasti historian aikana. Alunperin se ei tarkoittanut japanilaista ritaria tai soturia.

Asuka (538- 710) ja Nara (710-794 kaudella. Yamaton keisarillinen perhe oli liitossa Korealaisen Baekjen kuningaskunnan kanssa, kilpailevaa Sillan kuningaskuntaa vastaan jolla oli oma liittonsa Kiinan Tang-dynastian kanssa. Hakusukinoe taistelussa (Hakusonkō no Tatakai) Sillan ja Tang-dynastian joukot voittavat Baekjet ja Yamaton joukot pakottaen Yamaton jättämään asemansa Korean niemimaalla 663. Jo ennen taistelua Japaniin Yamato-hoviin oli päätynyt mantereelta paenneita aatelispakolaisia, jotka toivat mukanaan tietoa mm. kulttuurista ja uskonnosta. Vuonna 646 Keisari Tenji määräsi Taika-reformin, jonka kautta Japanin aateliset ottivat käyttöön Tang-dynastiasta mallinnetun hallintojärjestelmän, byrokratian, kulttuurin, uskonnon ja filosofian. Kun Taihō-säädös otettiin käyttöön 702, Keisari Monmu pani täytäntöön Kiinan mukaan mallinnetut kutsunnat (Gundan-sei), jossa joka kolmas tai neljän mies värvättiin kansalliseen armeijaan, heidän tuli hankkia oma aseistuksensa ja varusteensa. Palveluksesta he saivat vapautuksen verotuksesta ja muista tehtävistä. Taihō-säädöksessä suurin osa keisarillisista virkamiehistä jaettiin 12 tasoon, joista ensimmäisen tason virkamiehet olivat keisarin tärkeimmät neuvonantajat. Kuudennen ja sitä matalamman tason virkamiehet tunnettiin nimikkeellä samurai, joka tulee sanasta Saburau. Se tarkoittaa ” he, jotka palvelevat lähellä aatelisia, heidän puolestaan”. Nämä samurait olivat siviilivirkamiehiä, sotilaista käytettiin yleisesti termiä bushi (武士) ja soturi perheistä buke (武家).

Keisari Kanmu halusi saattaa pohjoisen Honshūn valtaansa Heian kaudella 794- 1185. Siellä asui Emishi alkuperäiskansaa, jotka vastustivat keisarillisen perheen valtaa. Hän nimitti ensimmäisen sei’i-taishōgun (征夷大将軍) eli shogunin. Siihen aikaan termi ei tarkoittanut sotilasdiktaattoria. Sei’i-taishōgun kirjaimellisesti tarkoittaa ” Barbaareja vastaan suunnattujen retkikuntajoukkojen päällikkö”. Keisari luotti paikallisten voimakkaiden klaanien sotamahtiin Emishejä vastaan. Tuohon aikaan jousilla (yumi) varustettu ratsuväki oli tyypillinen Bushin varustus. Keisari hyödynsi klaaneja myös kapinoiden kukistamisessa.

Sen jälkeen, kun Keisari Kanmu hajautti armeijansa hän alkoi menettää valta-asemaansa. Mahtavat Kyotoa ympäröivät klaanit omivat ministerien virkoja ja nimittivät sukulaisiaan paikallisvirkamiehiksi. Virkamiesasemassa he keräsivät usein korkeita veroja rikastuakseen ja maksakseen pois lainojaan, jonka johdosta moni maanviljelijä menetti omistamansa maan. Poliittisten sopimusten ja avioliittojen kautta aristokraatit nousivat vallassa jopa yli keisarillisen perheen. Osa japanilaisista klaaneista syntyi maanviljelijöitten yhteenliittymistä, jotka aseellisesti vastustivat keisarillisten virkamiesten ylenpalttista verotusta. Ne muodostivat liittoumia isompia klaaneja vastaan.

Kamakura kaudella 1185-1333 samurailuokka alkoi saada niitä piirteitä, josta nykyään heidät tunnetaan. Kun paikallisklaanit vahvistuivat ja saivat enemmän valtaa, alkoi vallan tasapaino siirtymään keisarillisesta perheeltä heille. Klaanien johtajat olivat tyypillisesti etäistä sukua keisarilliselle perheelle ja Fujiwara, Minamoto tai Taira klaanille. Alun perin toryo virkamiehet lähetettiin provinsseihin neljän vuoden kausille, he kuitenkin kieltäytyivät palaamasta Kyotoon ja heidän asemansa alueellisena johtajana alkoi periytymään pojilleen, jotka jatkoivat pakallisten kapinoitten kukistamista. Heiji kapina 1160 asetti Minamoto ja Taira klaanit vastakkain.  Taira no Kiyomori voitti konfliktin ja hänestä tuli ensimmäinen soturi joka nousi keisarillisen neuvonantajan asemaan, myöhemmin hän otti vallan itselleen, luoden ensimmäisen samurai johtoisen keskushallinnon ja asetti keisarin valtion keulakuvaksi. Taira ja Minamoto taistelivat uudetaan Genpei sodassa 1180-1185, jonka Minamoto voitti. Minamoto no Yoritomo otti vallan ja 1192 Kyotossa hän julisti itsensä Sei’i-taishōguniksi ja samalla siirsi valtoin keskuksen Kamakuraan lähelle omaa vallan keskustaan. Hän perusti Kamakura Bufukun eli Kamakura sotilas hallinnon. Kamakura shogunaatin (1185-1333) ja Ashikaga shogunaatin (1336-1573) aikana useat klaanit taistelivat vallasta. Myös Mongolien perustama Kiinan Yuan-dynastia pyrki valloittamaan Japanin kahdesti. Ukkosmyrskyt häiritsivät vuonna 1274 Japanin pohjois Kyūshūn valloitus yritystä, johon osallistui 40 000 soturia ja 900 laivaa. Heitä vastassa oli 10 000 samuraita. Valloitus epäonnistui ja vuonna 1281 Mongolit Kublai Khanin käskystä lähettivät uuden Yuan armeijan, joka koostui 140 000 sotilaasta ja 5000 laivasta. Heitä vastassa oli 40 000 samuraita. Hyökkäysten välissä samurait olivat rakennuttaneet suoja-asemia ja Genkō Bōrui (元寇防塁) 20 km pitkän muurin Hatakan salmeen. Mongolien ollessa vielä laivoissaan taifuuni iski pohjois Kyūshūn. Suuri osa valloittajista kuoli myrskyyn ja henkiin jääneet eivät päässeet etenemään samuraitten puolustusten ohi, joten heidän oli peräännyttävä. Ukkosmyrskyt ja taifuuni vaikuttivat merkitsevästi Japanilaisten kykyyn puolustaa maataan ja niitä alettiin nimittämään termillä  kami-no-Kaze eli jumalten tuuli, anten ymmärtää että Japani oli jumalten suojelun alaisuudessa.

Sengoku jidai eli sotivien valtioiden kausi 1467- 1615 oli yksi japanin verisimmistä aikakausista. Se kuitenkin johti pysyvään rauhaan Edo kauteen 1603- 1867. Sengoku jidai aikana japanilainen sodankäynti muuttui merkittävästi. Aikaisempina kausina konfliktit olivat olleet suhteellisen pienten joukkojen konflikteja, joissa aseina suosittiin jousta ja naginataa. Samurailla oli myös muita aseita käytössä kuten yari (keihäs), nodachi (kahdenkäden miekka), nakamagi (pitkäkahvainen miekkaa muistuttava varsiase), yojibo (raskas, usein rauta vanteilla vahvistettu nuija/parru), mompa (puunuija/vasara), ono (sotakirves) ym. Aikaisemmin sodassa painopiste oli yksilöllisillä suorituksilla sodankäynnissä eikä muodostelmataistelussa. Mongoli-valloitusten aikana Samurait muuttivat sodankäyntiään ja pikkuhiljaa armeijat kasvoivat ja muodostelmataistelu tuli tärkeämmäksi. Sengoku jidai aikana varsinkin Ashigarujen eli värvättyjen maanviljelijöitten merkitys kasvoi. Heitä oltiin toki käytetty aikaisemminkin, mutta nyt muodostelmataistelussa koulutetut ashigarut, jotka oli aseistettu pitkillä keihäillä, jousilla tai hakapyssyllä (sen aikainen musketti) olivat olennainen osa sodankäyntiä. Oli myös mahdollista saada ylennys maanviljelijästä samuraiksi sengoku kaudella, tekojensa kautta. Itse asiassa Toyotomi Hideyoshi, joka taisteli Oda Nobunaga armeijassa oli alun perin ashigaru, mutta ansioittensa takia sai ylennyksen samuraiksi. Hänestä tuli Oda Nobunagan kenraali ja neuvontantaja. Oda onnistui yhdistämään suurimman osan Japania alaisuuteensa. Kun hänen toinen kenraali Akechi Mitsuhide petti hänet, Toyotomi Hideyoshi kosti isäntänsä Oda Nobunagan kuoleman ja nousi valtaan.

Tähän saakka oli yleistä Japanissa, että rahvaalla kuten maanviljelijöillä oli aseita saatavilla ja he saivat kantaa niitä pitkälti vapaasti. Valtaan päästyään Toyotomi Hideyoshi teki laki uudistuksia, joilla turvasi omaa valtasemaansa mm. määräämällä ”miekkajahdin” jolloin muilta kun samuraita takavarikoitiin aseet. Toyotomi Hideyoshin kuoltua hänen alaikäisen poikansa olisi pitänyt periä valtaistuin. Oda Nobunagan eräs kolmas kenraali Tokugawa Ieyasu vastusti tätä ja Toyotomi Hideyoshin pojan Toyotomi Hideyorin lojalistit ja Tokugawa Ieyasua tukevat joukot kohtasivat Sekigaharan taistelussa, jonka Tokugawa voitti. Hän perusti Togukawa shogunaatin, joka hallitsi Japania  Edo kaudella 1603- 1867. Togukawa sääti lain, että vain samurait saivat kantaa daishoa eli pitkä miekkaa ja kumppanimiekkaa vyöllään merkkinä samurain asemasta. Muut yhteiskuntaluokat saivat kantaa lyhyttä miekkaa tai tanto veistä. On hyvä huomioida, että merkittävät rajoitukset aseitten saatavuudessa tulivat vasta rauhan aikakaudella.

Koska samuraitten rooli ja kulttuurinen asema muuttui useita kertoja historian aikana myös heidän eettiset aatteensa vaihtelivat, ei pelkästään aikakauden vaan myös sijainnin ja yksilöitten välillä. Sotien aikana ei ollut yhtenäistä soturiaatetta sinänsä, eri perinteillä ja kamppailulajityyleillä (ryu-ha) oli omat eettiset periaatteensa.

Usein ajatellaan, että Bushido olisi ollut samuraitten yhtenäinen ritarikoodi. Kuitenkin moderni käsitys Bushidosta on peräisin sen nimisestä kirjasta, jonka kirjoitti Inazō Nitobe vuonna 1899 myös Hakagure on vahvasti vaikuttanut nykykäsitykseen. Sen kirjoitti Tashiro Tsuramoto perustuen erakoituneen kirjurina työskennelleen samurain Yamamoto Tsunetomon, kanssa käytyihin keskusteluisin 1709- 1716. Edo ja Meiji kausina samuraikulttuurin romantisointi oli suosittua kirjallisuudessa ja teatterissa. Ne ovat vaikuttaneet merkittävästi nykyiseen populaarikulttuurin näkemykseen entisaikojen japanilaisesta soturiluokasta, jotka nousivat hallitsemaan valtiota. Todellisuus onkin paljon moninaisempi ja mielenkiintoisempi.